Ağızdan giren optik boru (endoskop) yutağa ve yutakla yemek borusu arasındaki bölgeye sokulur. Yemek borusunun duvarları birbirine yapışık olduğundan, dikkatle dokuyu zedelemeden organın mide ile birleştiği bölgeye inilir.
Özofagoskopide mukozanın durumu, tümör bulunup bulunmadığı, yabancı cisimler ve özellikle organın doğuştan gelen ya da sonradan oluşan biçim bozuklukları incelenir. Organın çapında önemli değişiklikler olabileceği unutulmamalıdır; bazen organın duvarı boyunca kesecikler (divertikül) görülür ya da yemek borusunun tümü genişlemiştir ( megaözofagus). Buna karşılık, daralmalara (stenoz) ya da tıkanmalara da rastlanabilir.
Özofagoskopi ile alınan küçük mukoza parçaları mikroskop altında incelenebilir; bu parçacıklar tümör gibi kötü huylu oluşumların ayırt edilmesinde kullanılır.
Bir nedbe dokusu ya da tümöre bağlı daralma varsa endoskopi aracılığı ile genişletici metal bujiler sorularak ya da endoskopi aygıtı aracılığıyla şişirilen bir baloncukla darlık genişletilir ve besinlerin karşılaştığı engeller ortadan kaldırılır.